校舎は大きく北棟と南棟に分かれ、北棟には中学校の教室、南棟には高等学校の教室がおもに配置されています。

木のフローリングがぬくもりを感じさせる教室。全教室ホワイトボードにプロジェクターを完備。Apple TVとブルーレイプレイヤーを設置。タッチペンも利用でき、電子教科書も利用できます。

図書館の最大の特徴は、天井まで埋め尽くされた本が生み出す重厚でシックな空間。
明るく開放的なスペースで勉強もはかどります。おすすめ図書を紹介するなど、居心地のよい空間です。

快適な動作環境を整えたコンピュータが84台以上あり、放課後は生徒が自由に利用することができます。

星の自動追尾システムなど、最新設備を搭載した天体観測ドームです。

校舎1階にあるカフェテリアは、約300名が同時に利用できる明るく開放的なスペースです。

320人収容の多目的ホール、様々なイベントや集会に活用できます。

三階にある静かな和空間です。庭園を備え、明星祭では本格的なお茶会も開かれます。茶道同好会や将棋部の活動に使用されています。

三階デッキの屋上庭園は、3つのブロックに分かれています。芝生、セダム、ラベンダー、ツツジ、アイビーなどいろいろな草花や低木が配置されています。

中庭のシンボルツリーが見通せるガラス張りの開放的な空間です。ステンドグラスの前で、演奏会を開くことも。

地下1階には屋内プール、1階にはサブアリーナ、3階にはメインアリーナが積層しており、それぞれの空間が授業や競技に活用される多目的な施設となっています。

1階に柔道場と卓球場、2階に剣道場を備える。部活動や体育の授業でも活用しています。

サッカーコート約2.5個分、広さが約17,000㎡の広大な土のグラウンド。野球の公式戦も可能でブロック大会も開催しています。陸上部やサッカー部、ハンドボール部も利用しています。

硬式テニスのオムニコートを４面配置。私学大会などの公式戦でも利用しています。

「児玉九十記念講堂」は、明星学苑創立85周年に、児玉九十先生生誕120周年を記念し竣工しました。
学苑の主要行事や各種式典が開催される約1200名収容できる空間です。
2階には児玉九十記念史料コーナーを併設しており学苑の歩みと児玉九十先生の功績を顕彰しています。

小学校のグラウンドほどの大きさ、広さが約3300㎡もある芝生の広場。日当たりがよく、生徒たちはのんびりと昼休みを楽しむことができます。

1923年（大正12年）創設当初の旧校舎を取り壊す際に移築。本館の玄関口として使われていました。（現在のものはレプリカ）明星学苑100年の歴史を物語っています。